Od 1945 do 1947 był dyrektorem Państwowej Filharmonii w Krakowie, a w latach 1947–1948 dyrektorem Orkiestra Filharmonii Narodowej w Warszawie. W 1949 pracował w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Warszawie na stanowisku profesora kompozycji, instrumentacji i kontrapunktu. Prowadził także działalność w Senacie PWSM w Warszawie i pracował na stanowisku dziekana wydziału Kompozycji, Teorii i Dyrygentury. Jego uczniami są m.in. Jerzy Tyszkowski, Antoni Szaliński, Miłosz Magin i Benedykt Konowalski. thumb|Grób Jana Adama Maklakiewicza na cmentarzu Powązkowskim W okresie stalinowskim, jako wysoko postawiony nauczyciel akademicki oraz osoba zasiadająca we władzach uczelni, był zobligowany do propagowania ustroju komunistycznego w swojej twórczości. Z tego tytułu Maklakiewicz jest autorem m.in. dużej liczby pieśni masowych, które w późnych latach 40. i w latach 50. cieszyły się dużą popularnością oraz aprobatą ówczesnych władz. Zmarł w wyniku błędnej diagnozy lekarskiej (dur brzuszny) 7 lutego 1954. Pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (klin-5-6).
W 1947 otrzymał Nagrodę Miasta Krakowa.