Przez rok pełnił funkcję prefekta w Wyższym Seminarium Duchownym Archidiecezji Krakowskiej. W 1967 uzyskał stopień naukowy doktora na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie. Jego praca doktorska zyskała międzynarodowy rozgłos. Kolejny rok spędził na stypendium habilitacyjnym na Uniwersytecie Lowańskim w Belgii. Po powrocie do Polski przez kolejny rok był prefektem w seminarium. W latach 1968−1999 nieprzerwanie pracował w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. W 1978 uzyskał habilitację. W 1979 został kanonikiem gremialnym Kapituły Metropolitalnej w Krakowie. W 1986 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego.
Za swoją pracę otrzymał wiele nagród m.in. nagrodę naukową im. Włodzimierza Pietrzaka i medal Bene Merenti im. św. Jadwigi Królowej. Przyczynił się do odzyskania wielu budynków kościelnych przy ul. Kanoniczej oraz rękopisów i dzieł. W 1996 Jan Paweł II mianował go prałatem honorowym. Przez wiele lat był bliskim współpracownikiem metropolitów krakowskich kard. Karola Wojtyły i kard. Franciszka Macharskiego.
Prowadził procesy beatyfikacyjne św. Urszuli Ledóchowskiej i bł. Jana Beyzyma. W 1998 otrzymał doktorat honoris causa Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Ruhry w Bochum.