Jego dobre występy przełożyły się na zwrócenie uwagi trenera kadry Belgii, dlatego powołał go do reprezentacji i zaliczył tam swój pierwszy występ. W tamtym czasie Nicolas studiował prawo na Uniwersytecie Gandawskim. Kilka razy zostawał wybierany do belgijskich drużyn młodzieżowych, takich jak reprezentacja Belgii do lat 21. Najważniejszymi wydarzeniami były Mistrzostwa Europy do lat 19 w piłce nożnej w 2004 i Mistrzostwa Europy do lat 21 w piłce nożnej w 2007. W sezonie 2006/2007 wystąpił w Pucharze Intertoto, a w lidze po raz drugi z rzędu zajął 4. lokatę.
Zenit Petersburg W lipcu 2007 Lombaerts został zauważony przez rosyjski Zenit Petersburg, co następnie zaowocowało transferem do Petersburga. Podpisał z nimi kontrakt na 2 sezony. Wtedy Lombaerts rzucił studia i wybrał karierę piłkarską. Zenit zapłacił za niego sumę 4 milionów euro. W tym samym roku Lombaerts został z Zenitem mistrzem Rosji zdobywając swój pierwszy tytuł mistrzowski. Na początku 2008 roku Lombaerts został na ponad pół roku wykluczony z gry z powodu kontuzji kolana. Doznał jej w meczu Pucharze UEFA z Villarrealem podczas, gdy jego drużyna przeprowadzała atak, który doprowadził do jedynego strzelonego gola przez jego zespół, na wyjeździe, przeciwko hiszpańskiej drużynie.