Zgodnie z treścią wyżej wymienionej ustawy „Morski Krzyż Zasługi z Mieczami może być nadany żołnierzowi Marynarki Wojennej, a wyjątkowo żołnierzowi innego rodzaju Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej, za sumienną służbę w czasie działań bojowych przeciwko aktom terroru w kraju lub podczas użycia Sił Zbrojnych poza granicami państwa w czasie pokoju w warunkach szczególnie niebezpiecznych, nie bezpośrednio w styczności z przeciwnikiem”. W precedencji polskich odznaczeń zajmuje miejsce za Brązowym Krzyżem Zasługi i przed Wojskowym, Morskim oraz Lotniczym Krzyżem Zasługi. Jest równorzędny z Wojskowym i Lotniczym Krzyżem Zasługi z Mieczami. Nawiązuje do Medalu Morskiego, nadawanego za służbę podczas II wojny światowej.
Nadawanie Morski Krzyż Zasługi z Mieczami nadaje Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej, a wręcza osobiście lub przez osobę przez niego upoważnioną, z inicjatywy własnej lub na wniosek ministra właściwego do spraw obrony. Prezydent ma również prawo do pozbawienia Krzyża osoby nim odznaczonej. Krzyż jest przyznawany nie później niż trzy lata od zakończenia działań bojowych, a można go otrzymać dwukrotnie.