Publikacje Pierwszy zbiór poezji Heinesen wydał w 1921. Niedługo później ukazały się trzy kolejne nim ukazała się jego pierwsza powieść – Burzliwy brzask (duń. Blæsende gry). Kolejna, wydana cztery lata później i zatytułowana Noatún, niosła ze sobą przesłanie polityczne – solidarność jest kluczem ku dobremu społeczeństwu. Kolejną książką była opublikowana w 1949 powieść Czarny kocioł (duń. Den sorte gryde, pol. przekład 1968). Porusza ona problem konfrontacji dekadenckiego życia z religijną histerią. Wydani w 1950 Zagubieni grajkowie (duń. De fortabte spillemænd) unikają problematyki społecznej. Następną powieścią były Wyspy Dobrej Nadziei (duń. Det gode Haab, 1964, polskie wydanie w 1974). Głównym bohaterem jest Peder Børresen, wzorowany na historycznej postaci Lucasa Debesa, duńskiego księdza, kartografa, który w pierwszej połowie XVI wieku stworzył jedną z pierwszych map archipelagu Wysp Owczych.
thumb|180px|Jørgen-Frantz Jacobsen i William Heinesen w 1918 roku Oprócz powieści Heinesen pisał również opowiadania, takie jak: Zaczarowane światło (duń. Det fortryllede lys, 1957), Opętanie Gamaliela (duń. Gamaliels besættelse, 1960) czy Klątwa złych duchów (duń. Kur mod onde ånder).