25% akcji było wówczas własnością Skarbu Państwa, a pozostałe 15% stanowiło akcjonariat pracowniczy.
W 2004 zakłady przystąpiły do bardziej zaawansowanych modernizacji EZT serii EN57, które w porównaniu z przebudowami z poprzednich dwóch lat obejmowały dodatkowo m.in. wymianę urządzeń elektrycznych, modyfikację układu sterowania i zmianę konstrukcji wózków. 31 maja tamtego roku została ukończona pierwsza taka modernizacja przeprowadzona na składzie EN57-1441 z ZPR Wrocław.
Pod koniec 2005 przedsiębiorstwo Škoda Transportation chciało założyć z mińskimi zakładami spółkę. Dzięki tej współpracy Czesi mogliby dostarczać tramwaje i EZT na rynek polski.
30 kwietnia 2006 ZNTK „Mińsk Mazowiecki” ukończyły modernizację zespołu EN57-1417, która była pierwszą przebudową w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Transport. Modernizacja ta była wówczas najbardziej zaawansowaną przebudową tych pojazdów i obejmowała m.in. urządzenia elektryczne, system sterowania, wózki, wyposażenie wnętrza i kabiny maszynisty oraz ściany czołowe, które zastąpiono nowymi o opływowym kształcie według projektu Wojciecha Malińskiego.