Spółka akcyjna (od 1996) mały|Szkielet czoła EZT modernizowanego do serii EN71KM (2009) mały|Wnętrze hali zakładu, z lewej szkielety EZT typu 18WE (2009) mały|Wagon VT627 i zespół ED74 w hali zakładu (2009) mały|Teren zakładów widziany z lotu ptaka (2013) mały|Darty na terenie ZNTK, w tle widoczna ich hala serwisowa (2015) mały|EZT serii EN57 w trakcie modernizacji (2016) thumb|EW51-36 pod koniec renowacji (2019) 2 stycznia 1996 przedsiębiorstwo zostało przekształcone w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa o nazwie Zakłady Naprawcze Taboru Kolejowego „Mińsk Mazowiecki” i w ramach Programu Powszechnej Prywatyzacji włączone do Narodowego Funduszu Inwestycyjnego „Foksal”, co było początkiem prywatyzacji przedsiębiorstwa. 1 maja tego samego roku ZNTK przekazały należące do nich bloki mieszkalne nowo powstałej Spółdzielni Mieszkaniowej „Kolejarz”.
W latach 1998–2002 przeprowadzono restrukturyzację, w wyniku której zatrudnienie zmniejszyło się o 24,8%, tj. z 879 osób w 1998 r. do 661 osób w 2001 r., przy czym w 2002 r. w efekcie wzrostu produkcji zwiększono zatrudnienie ogółem o 27 osóbInformacja o wynikach kontroli wpływu działalności Narodowych Funduszy Inwestycyjnych na wyniki gospodarcze wybranych zakładów naprawczych taboru kolejowego, Najwyższa Izba Kontroli, s.