Przewodniczący kieruje pracami Komisji i reprezentuje ją publicznie. Przewodniczącego powołuje minister właściwy do spraw transportu na okres 4 lat. Przewodniczącym Komisji może zostać osoba posiadająca co najmniej trzyletnie doświadczenie w badaniu zdarzeń lotniczych.
Aktualnym Przewodniczącym PKBWL jest Tomasz Kuchciński.
Zastępców Przewodniczącego i Sekretarza Komisji powołuje, na wniosek Przewodniczącego Komisji, Minister właściwy do spraw transportu, na okres 4 lat. Zastępcą Przewodniczącego Komisji może zostać osoba posiadająca co najmniej dwuletnie doświadczenie w badaniu zdarzeń lotniczych.
Członka Komisji powołuje Minister właściwy do spraw transportu, po zasięgnięciu opinii przewodniczącego Komisji, na okres 4 lat. Minister właściwy do spraw transportu może, na wniosek Komisji podjęty bezwzględną większością głosów, odwołać członka Komisji.