Pełniąc ten urząd Piskorski przeprowadził reformę podległych uniwersytetowi szkół niższego szczebla, zlecając ich wizytację, a następnie wprowadzenie jednolitych przepisów dotyczących regulaminu i programu nauczania, które wydano drukiemLeges Scholis Ecclesiarum Jurisdictioni Rectorali, Almae Universitatis Studii Generalis Cracoviensis subiectis, pro bono earundem regimine conservando latae et publicatae, Cacoviae 1695..
W 1703 Piskorski poważnie zachorował. Stało się to prawdopodobnie przed 17 maja 1703, gdyż tego dnia sporządził testament, w którym prosił akademię o złożenie jego zwłok w krypcie pod kaplicą św. Józefa w kościele św. Anny. Dwa lata później stracił wzrok, 11 sierpnia 1707 sporządził kodycyl testamentu, w którym zawarł szczegółowe wskazówki na temat pogrzebu i rozdysponował majątek, obdarowując m.in. kościoły w Skawinie oraz dzieci sióstr i brata. Zmarł najprawdopodobniej 17 sierpnia 1707Michał Kurzej, Depingere fas est..., s. 27..