Doświadczenia te wykorzystał po powierzeniu mu przez krakowskie klaryski prebendy w Grodzisku, gdzie w latach 1677–1691 zrealizował ambitne założenie pielgrzymkowe, poświęcone błogosławionej Salomei. Złożona symbolika zespołu figur i kaplic wiąże się ściśle z wydanym przez Piskorskiego żywotem klaryski, który zilustrowano wybitnymi artystycznie rycinami autorstwa Jerzego Eleutera Szymonowicza Siemiginowskiego. W latach 1688–1690 Piskorski przebudował też kościół w Żębocinie. Ze względu na te doświadczenia w 1692 powierzono mu kierownictwo prac przy budowie kościoła św. Anny, które prowadził jako prowizor i konceptor do ukończenia w 1703. Do pierwszej z tych funkcji należała organizacja strony finansowej przedsięwzięcia, gromadzenie materiałów budowlanych oraz angażowanie wszystkich wykonawców, a druga polegała na ułożeniu programu treściowego dekoracji malarskiej i rzeźbiarskiej. W podobnym charakterze Piskorski wziął też udział w przekształceniu kościołów klarysek w Krakowie i Starym Sączu. mały|Wnętrze kościoła św. Anny w Krakowie Działalność Piskorskiego znacząco wpłynęła na sztukę Krakowa i Małopolski przełomu XVII i XVIII, mimo iż nie był on praktykującym artystą ani profesjonalnym architektem.