Kolejnym potencjalnym zagrożeniem są nieoficjalne aplikacje obliczeniowe. Dla niektórych projektów dostępne są zoptymalizowane przez użytkowników wersje aplikacji, pozwalające znacznie (niekiedy kilkukrotnie) skrócić czas obliczeń. Należy jednak zwrócić uwagę, aby aplikacje te pobierać ze sprawdzonych źródeł. Ponownie w razie wątpliwości należy skonsultować się z forum dyskusyjnym danego projektu.
Wśród użytkowników BOINC krąży opinia, że praca w platformie naraża komputer na niebezpieczeństwo mniej niż przeglądanie stron WWW, należy jednak pamiętać, że nie ma w 100% bezpiecznych aplikacji.
Niektóre projekty platformy BOINC ProjektStrona projektuDziedzinaStatus3x+1@home Odwiedźmatematyka, problem CollatzaZarzuconyABC@home OdwiedźmatematykaAktywnyAlife@home braksztuczna inteligencjaZarzuconyAlmereGrid Odwiedźprzetwarzanie rozproszoneAktywnyAlmereGrid TestGrid Odwiedźprzetwarzanie rozproszoneRozwojowyAndrOINC OdwiedźRSAZakończonyAPS@Home Odwiedźziemska atmosferaWstrzymanyAQUA@Home Odwiedźprzetwarzanie rozproszoneZakończonyArtificial Intelligence System braksztuczna inteligencjaZarzuconyBiochemical Library OdwiedźbiochemiaZakończonyBBC Climate Change Experiment OdwiedźklimatologiaZakończonyBOINC Alpha Test OdwiedźBOINCAlfaBRaTS@Home Odwiedźfale grawitacyjneAlfaBURPOdwiedźrendering grafiki 3DAlfaCAS@HOME Odwiedźprzetwarzanie