W 1900 r. kardynał Jan Puzyna ufundował srebrną trumienkę, zawierającą relikwie błogosławionego Wincentego Kadłubka – bpa krakowskiego, którą zaprojektował Stanisław Barabasz. W 1975 r. do okna wstawiono witraż projektu Tadeusza Wojciechowskiego.
Opis kaplicy Kaplica Tomickiego to kopułowa budowla grobowa. Jest to najprostsza odmiana centralnej budowli na rzucie kwadratu, nakryta kopułą bez bębna. Ściany wnętrza pozbawione są podziałów architektonicznych, jedynie kamienne gzymsy wydzielają niską strefę przejściową między prostopadłościanem części dolnej a czaszą kopuły. Budowę kaplicy rozpoczął Berrecci na polecenie Piotra Tomickiego. Zaprzyjaźniony z królem humanista i uczony przeznaczył kaplicę na swoje mauzoleum.
Wewnątrz układ kompozycyjny na ścianie wschodniej wyznaczają symetrycznie rozmieszczone otwory okienne. Berrecci rezygnując z bębna zmuszony był wprowadzić okna w kondygnacji dolnej, tym bardziej, że kaplica stanęła w miejscu dość cienistym, pomiędzy katedrą a pałacem. Dwa duże, wydłużone, półkoliście zamknięte otwory okienne znalazły się bezpośrednio pod gzymsem, dosunięte ku skrajom ściany tak, aby pozostało między nimi miejsce na ołtarz.