Zagrożenia i ochrona W Polsce gatunek pod ochroną ścisłą, bardzo rzadki, wymaga ochrony czynnej. Ścisłą ochroną został objęty już w 1935 rokuRozporządzenie Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z dnia 16 października 1935 r. wydane w porozumieniu z Ministrem Rolnictwa i Reform Rolnych o uznaniu żółwia za gatunek chroniony. .. W 1937 roku były podejmowane próby reintrodukcji tych gadów na bagnach w okolicy Kopanicy. Nie udała się próba restytucji tego gada w Puszczy Kampinoskiej, podjęta w 1956 r. przez prof. Augusta DehnelaKloss Marek: Powrót bobrów, w: "Przyroda Polska" nr 2/1983, s. 21.
Wpisany do Polskiej czerwonej księgi zwierząt z kategorią zagrożenia EN, czyli gatunek bardzo wysokiego ryzyka, zagrożony wyginięciem. Od momentu wstąpienia Polski do Unii Europejskiej żółw błotny podlega dyrektywie siedliskowej numer 92/43/EWG w sprawie ochrony siedlisk naturalnych rzadkich gatunków oraz fauny i flory. Obowiązuje też zakaz fotografowania, filmowania i obserwacji mogących powodować płoszenie lub niepokojenieRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 6 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r.