W XVI w. miejscowość leżąca w powiecie winnickim województwa bracławskiego była własnością Obodeńskich. W tym i w następnym stuleciu Ilińce były wielokrotnie pustoszone przez Tatarów. Kolejnymi właścicielami 620-dymowych dóbr ilinieckich stali się Koreccy w 1630 r.. W 1647 r. książę Samuel Karol Korecki przekazał miasto ówczesnemu cześnikowi chełmskiemu Stefanowi Czarneckiemu za sumę zastawu w wysokości 40 tys. złotych.
W okresie powstania Chmielnickiego miasto było siedzibą sotni . W 1672 r. zostało przejściowo włączone do Turcji (1672–1699).
Przywilejem z 22 października 1757 roku król August III oficjalnie nadał Ilińcom prawo magdeburskie oraz herb z wizerunkiem złotego łabędzia z sześcioma łabędziami na srebrnym tle. Herb charakteryzował miasto jako „gniazdo rodowe” ówczesnej właścicielki Ilińców, księżnej Barbary Sanguszkowej z domu Dunin, której przodkowie mieli w herbie wizerunek łabędzia. Prywatne miasto szlacheckie położone w województwie bracławskim było w 1789 roku własnością Hieronima Janusza SanguszkiМикола Крикун, Воєводства Правобережної України у XVI-XVIII століттях: Статті і матеріали, Lwów 2012, s. 527..
W 1793 r. miasto znalazło się na terenach objętych II rozbiorem.