Bałtyk Gdynia – Lech Poznań 2:1 (Szura 6' Wiszniewski 41' - Pachelski 24') Stal Stalowa Wola – Jagiellonia Białystok 2:4 (Tworek 57' Strzelec 75' - Michalewicz 15' 71' Głębocki 30' Szugzda 86') Hutnik Kraków – GKS Katowice 2:3 (Węgrzyn 10' Kraczkiewicz 43' - Kubisztal 33' Piekarczyk 71' Furtok 84') GKS Jastrzębie – Górnik Zabrze 1:3 (Zimnicki 14' - Komornicki 22' Cyroń 53'k. R.Warzycha 78') Stomil Olsztyn – Pogoń Szczecin 0:2 (Sokołowski 47' Ostrowski 76') Odra Opole – Śląsk Wrocław 1:1, k. 4:5 (Wolny 61' - Horst 69') Odra Wodzisław Śląski – Ruch Chorzów 1:2 (Wieczorek 56' - K.Warzycha 27' 86') Legia Warszawa – ŁKS Łódź 3:0 (Terlecki 26'k. Kubicki 55' Pisz 73')
Ćwierćfinały Pierwsze mecze zostały rozegrane 16 listopada 1988, a rewanże 27 listopada 1988.
Jagiellonia Białystok – Bałtyk Gdynia 0:0Mecz został rozegrany 13 listopada. Bałtyk Gdynia – Jagiellonia Białystok 1:1 (Wachełko 85' - J.Bayer 74')
Pogoń Szczecin – Ruch Chorzów 3:3 (Ostrowski 11' 55' Sokołowski 25' - Szuster 28' 70' K.Warzycha 50') Ruch Chorzów – Pogoń Szczecin 4:0 (Nowak 4' K.Warzycha 22' 45' Bąk 80')Mecz został rozegrany 26 listopada.
Górnik Zabrze – Legia Warszawa 2:3 (Rzepka 11' 61' - Arceusz 30' Łatka 39' Dziekanowski 48') Legia Warszawa – Górnik Zabrze 2:0 (Dziekanowski 45' Pisz 48')