Tego rodzaju czynniki transkrypcyjne występują także u zwierząt (przykładem jest czynnik transkrypcyjny MEF2, który odpowiada za regulację rozwoju mięśni).
Najlepiej geny homeotyczne poznano u Drosophila melanogaster. U tego owada zgrupowane są one w dwa kompleksy na chromosomie 3: (ANT-C), wyznaczający różnice morfologiczne między segmentem głowowym a segmentami tułowiowymi, obejmujący pięć genów (Antp, Scr, Dfd, Pb i lab) bithorax (BC-X), wyznaczający różnice morfologiczne między tułowiem a odwłokiem, obejmujący trzy geny (Ultrabithorax, Abdominal-A i Abdominal-B). thumb|center|400px|Geny homeotyczne kompleksu ANT-C i BX-C i odpowiadające im segmenty ciała Drosophila melanogaster. U kręgowców geny należące do rodziny genów homeotycznych można podzielić na dwie grupy: geny homeotyczne klasy I (skupione geny homeotyczne); nieskupione geny homeotyczne, rozproszone w obrębie całego genomu. Roślinne geny homeotyczne odpowiedzialne są za prawidłowy rozwój kwiatów.
Geny homeotyczne klasy I u człowieka tworzą cztery grupy: