Drużyna Austrii z Morgensternem w składzie zdobyła też złote medale w konkursach drużynowych na obu skoczniach.
Sezon 2011/2012 Sezon letni rozpoczynał Lotos Poland Tour (kolejno konkursy w Wiśle, Szczyrku i Zakopanem). W pierwszym konkursie tego cyklu zajął pierwsze miejscem, wyprzedzając Pawła Karielina i Gregora Schlierenzauera. Podczas drugiego konkursu znowu stanął na najwyższym stopniu podium, tym razem wyprzedzając swojego rodaka Gregora Schlierenzauera i Kamila Stocha. Na skoczni w Zakopanem wystąpił w konkursie drużynowym. Drużyna austriacka w składzie z Morgensternem wygrała, wyprzedzając Niemców i Rosjan. Dzień później w konkursie indywidualnym po raz trzeci triumfował w sezonie Letniego Grand Prix, tym samym wygrywając Lotos Poland Tour i wyprzedzając Gregora Schlierenzauera oraz Kamila Stocha. W kolejnych dwóch konkursach w Hinterzarten i Courchevel ponownie zajmował pierwsze miejsca. W Einsiedeln uzyskał drugi wynik zawodów, przegrywając jedynie z Kamilem Stochem. Morgenstern nie wystąpił w azjatyckich konkursach w Hakubie i Ałmaty. 1 października 2011 wziął udział w konkursie w Hinzenbach, w którym uplasował się na 6. pozycji. Nie wziął udziału w finałowym konkursie Letniego Grand Prix 2011 w Klingenthal. Morgenstern po raz trzeci w karierze wygrał cykl Grand Prix, wyrównując rekord Adama Małysza.