Gdy Kościół nie zdecydował się na wybór lojalnego władzom biskupa, zdelegalizowały wspólnotę w 1965, powołując się na brak w niej władzy zwierzchniej.
Kościół podziemny Usunięcie Kościoła z państwowego rejestru było dla niego bardzo dotkliwe materialnie. Polski Kościół Starokatolicki utracił w związku z tą decyzją administracyjną wiele obiektów sakralnych, które zostały przekazane Kościołowi Polskokatolickiemu oraz Kościołowi rzymskokatolickiemu. Do zabranych świątyń należały między innymi: kaplica w Jeleniej Górze, kościół w Cieplicach, kościół w Mysłakowicach, kościół w Janowicach Wielkich, dwa kościoły w Kamiennej Górze, trzy kościoły we Wrocławiu, kościół katedralny w Łodzi, kościół w Warszawie, kaplica w Jędrzejowie, kościół w Zamościu.
Po delegalizacji Polski Kościół Starokatolicki utracił także znaczną część duchowieństwa i wiernych, którzy konwertowali do Kościołów: polskokatolickiego, prawosławnego i rzymskokatolickiego. Pewna grupa postanowiła jednak działać nieformalnie i mimo braku zgody władz państwowych kontynuowała działalność religijną w podziemiu. Ordynariuszem tajnych struktur Polskiego Kościoła Starokatolickiego został Ignacy Jan Wysoczański.