Pierwsze samoloty przekazano Tajwanowi w lipcu 1996. Początkowo trafiły one do 21. FS z bazy Luke w Arizonie, gdzie prowadzono szkolenie pilotów. Pierwsze samoloty przebazowano do Tajwanu w kwietniu 1997. Samoloty te wprowadzono do uzbrojenia 21. Taktycznego Dywizjonu Myśliwskiego (zbieżność numerów – przypadkowa) z 4. Taktycznego Skrzydła Myśliwskiego Tajwanu (znanego również jako 455. Skrzydło), stacjonującego w Jiayi. Kolejnym dywizjonem był 22. TFS, który otrzymał F-16 w 1998, także bazował on w Jiayi i wchodził w skład 4. Skrzydła.
Kolejno, w latach 1999–2000 przezbrojono na F-16 trzy dywizjony 5. (401.) Taktycznego Skrzydła Myśliwskiego, bazującego w Taoyuan. W skrzydle tym w F-16 wyposażono 15. i 16. Taktyczne Dywizjony Myśliwskie (według innych źródeł – 26. i 27.) oraz 17. Taktyczny Dywizjon Myśliwski i 12. Dywizjon Rozpoznania Taktycznego. Samoloty tego ostatniego zostały wyposażone w zasobniki rozpoznawcze LOROP. Jednocześnie w 4. Skrzydle na F-16 przezbrojono kolejne, 14. i 23 TFS. Ostatnią jednostką tajwańską F-16 jest 46. Dywizjon z 7. (737.) Skrzydła, który bazuje w Taidong.