Po traktacie Grzymułtowskiego i trwałym przejęciu Kijowa przez Carstwo Rosyjskie status uczelni potwierdzono gramotami Piotra I w 1694 i 1701.
W Akademii Mohylańskiej kształciła się polityczna i duchowna elita ruska. Autorytet i poziom kształcenia ściągał do uczelni także wielu cudzoziemców prawosławnych, zwłaszcza Rosjan, Wołochów i Mołdawian. Językami wykładowymi Akademii były: łacina, polski i ruski, od połowy XVIII wzrastało znaczenie rosyjskiego.
Studentami Akademii byli m.in. Symeon Połocki (ruski i rosyjski pisarz), Dymitr z Rostowa (święty prawosławny, teolog, biskup Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego), Stefan (Jaworski) (biskup Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, długoletni locum tenens patriarchatu moskiewskiegoPrzed zniesieniem instytucji patriarchatu przez Piotra I), Filoteusz (Leszczyński) (biskup Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, święty prawosławny), Iwan Mazepa (hetman Lewobrzeżnej Ukrainy), Filip Orlik (hetman na uchodźstwie), Natalia Jakowenko Historia Ukrainy do 1795 roku Wyd. II rozszerzone, Warszawa 2011, Wydawnictwo Naukowe PWN, s. 437., Samuel WełyczkoNatalia Jakowenko Historia Ukrainy do 1795 roku Wyd. II rozszerzone, Warszawa 2011, Wydawnictwo Naukowe PWN, s.