Do jego zasług należy: utworzenie stałej armii składającej się z rodzimej jazdy, a także obcych najemników i floty, bicie własnych brązowych monet (w mennicy w Cyrcie), propagowanie osiadłego trybu życia i uprawy ziemi wśród Numidów, przejęcie punickich wzorów administracyjnych; na czele miast i osad stali odtąd prefekci.
Prowadzona przez Masynissę polityka centralizacji i wzmocnienia władzy królewskiej budziła opór części Numidów. Jednym z tego przejawów był bunt Aftera, który miał miejsce przed 193 lub 162/161 p.n.e. After i jego zwolennicy zmuszeni zostali do ucieczki poza granice królestwa.
W starożytnym mieście Thugga w Tunezji znajduje się symboliczny grobowiec Massynisy. Według znajdującej się na niej inskrypcji libijsko-punickiej (obecnie przechowywanej w Muzeum Brytyjskim) w 138 r. jego mieszkańcy wznieśli mu świątynię, co może świadczyć o tym, że uzyskał pośmiertną apoteozę.
Po jego śmierci Scypion Emilian będący wykonawcą jego testamentu podzielił królestwo między jego trzech prawowitych synów, jako równych sobie nie na zasadzie terytorialnego rozgraniczenia (jedność państwa wraz z jego dochodami miała zostać zachowana): Micypsa otrzymał Cyrtę i administrację królewską, Gulussa miał dowodzić armią, Mastanabal miał sprawować jurysdykcje.