według szacunków organizacji BirdLife International z 2021 roku, europejska populacja zmalała o ponad 30% w ciągu ostatnich trzech pokoleń (około 18 lat). Podobny silnie spadkowy trend obserwowany jest również w Polsce – w latach 2000−2016 średni roczny spadek liczebności wynosił 6%. Według szacunków Monitoringu Pospolitych Ptaków Lęgowych, w latach 2013–2018 populacja czajki na terenie kraju liczyła 64–87 tysięcy par lęgowych.
Istotna jest wysokość roślin na lęgowisku, która nie powinna przekraczać na początku okresu lęgowego około 8 cm wysokości. Wysiadujące ptaki mogą dzięki temu się widzieć, ale też mieć widok na okolicę, co daje im poczucie bezpieczeństwa, a pisklęta mogą bez przeszkód biegać. Na te warunki ma wpływ człowiek, który stosując nawozy może zwiększyć gęstość, wysokość i szybkość wzrostu roślinności. Stosowane powszechnie chemikalia wybijają owady, główne pożywienie czajek. Pierwotne siedliska jak wilgotne łąki i torfowiska w wyniku osuszania ptak ten często musiał zamienić na tereny rolnicze. Do innych czynników wpływających na spadek liczebności czajki należy niski sukces lęgowy – wysokie straty w lęgach powodowane są przez drapieżne ssaki (np. lisy) i ptaki.