Postępowanie Hiszpanii i ustępstwa rządu wywołały wielkie niezadowolenie w Peru, na skutek czego pułkownik Prado zainicjował i objął dowództwo powstania antyrządowego, które wybuchło 28 lutego 1865 w Arequipa (Revolución Restauradora). Powstanie zostało wsparte m.in. przez Jose Baltę i Pedro Diez Canseco.
Kariera polityczna Powstanie zakończyło się sukcesem i 25 kwietnia 1865 Prado obalił rząd prezydenta Pezeta i sam obwołał się prezydentem, lecz 24 czerwca 1865 oddał władzę na rzecz Pezeta, w celu wzięcia udziału w wyborach prezydenckich. 8 listopada 1865 tymczasowym prezydentem został obwołany Pedro Diez Canseco. W przeprowadzonych następnie wyborach zwyciężył Prado, obejmując urząd legalnie 28 listopada 1865.
Podczas jego rządów, Peru przystąpiło 14 stycznia 1866 do wojny z Hiszpanią, toczonej przez Chile i doszło do skutecznej obrony portu Callao 2 maja 1866. Jego ówczesny rząd nazywany był "rządem talentów". Prado rządy sprawował do 7 stycznia 1868, kiedy to został zmuszony przez Kongres do rezygnacji na rzecz Pedro Diez Censeco.