Autokefalia kościoła nie zawsze musi być związana z terytorium państwa stanowiącego obszar jego działania, ani z narodowością jego wiernych. Gruziński Kościół Prawosławny oraz Rosyjski Kościół Prawosławny przez wiele lat istniały równocześnie na terenie Rosji (później ZSRR), zaś patriarchat antiocheński obejmuje swoim obszarem terytorium kilku państw.
Autokefalia a autonomia Kościoły autokefaliczne są w pełni samorządne: same wybierają swojego zwierzchnika, mają też prawo do konsekrowania własnego Krzyżma. Tego przywileju nie mają Kościoły autonomiczne. Ich przełożeni są ponadto wskazywani przez Kościół, w którego skład wchodzą.
Kanoniczne prawosławne kościoły autokefaliczne W nawiasach podano daty uzyskania autokefalii. Patriarchat Konstantynopolitański, Patriarchat Aleksandryjski, Patriarchat Antiocheński, Patriarchat Jerozolimski, Rosyjski Kościół Prawosławny (1448), Serbski Kościół Prawosławny (1219 i ponownie 1878), Rumuński Kościół Prawosławny (1872 – ogłoszona, 1885 – uznana przez Konstantynopol), Bułgarski Kościół Prawosławny (919, 1872 – ponownie ogłoszona, 1885 – uznana przez Konstantynopol), Gruziński Kościół Prawosławny i Apostolski (486 – nadana przez Patriarchę Antiochii, 1917 – ponownie ogłoszona, 1919 – uznana przez Konstantynopol, 1943 – uznana przez Moskwę), Cypryjski Kościół Prawosławny (431 –