Wystąpił w siedmiu meczach eliminacyjnych mistrzostw świata 2006, jednak pod koniec eliminacji z powodu kontuzji w ostatnich meczach bronił już Artur Boruc. Z powodu niestabilnej sytuacji w klubie Liverpool selekcjoner Paweł Janas nie powołał Dudka na turniej, co wywołało niezadowolenie wśród kibiców, które okazali podczas 30 maja 2006 podczas przegranego 1:2 meczu towarzyskiego z reprezentacją Kolumbii na Stadionie Śląskim w Chorzowie – po puszczonej bramce przez Tomasza Kuszczaka kibice skandowali nazwisko Dudka.
16 listopada 2005 podczas wygranego 3:1 meczu towarzyskiego z reprezentacją Estonii w Ostrowcu Świętokrzyskim po raz pierwszy został kapitanem Biało-Czerwonych. Po mistrzostwach świata 2006 wystąpił w dwóch spotkaniach reprezentacji Polski prowadzonej przez selekcjonera Leo Beenhakkera: 16 sierpnia 2006 w przegranym 0:2 meczu towarzyskim z reprezentacją Danii w Odense i 2 września w pierwszym przegranym 1:3 meczu eliminacyjnym mistrzostw Europy 2008 z reprezentacją Finlandii w Bydgoszczy.