były to niebezpieczne misje, wymagające dużej spostrzegawczości i dobrej nawigacji. Kuttelwascher szybko odznaczył się w misjach intruderskich, osiągając znacznie lepsze wyniki od innych pilotów. Latał wówczas na samolocie o oznaczeniach JX-E. Pierwsze zwycięstwo odniósł 1 kwietnia (bombowiec Ju 88). Jednej nocy z 4 na 5 maja zestrzelił 3 bombowce He 111. W ciągu trzech miesięcy lotów night intruder w 1. dywizjonie, Kuttelwascher zestrzelił 15 samolotów i 5 uszkodził.
8 lipca 1942, w związku z przeniesieniem 1. dywizjonu na północ, Kuttelwascher został przydzielony do 23. dywizjonu RAF, kontynuującego misje night intruder na dwusilnikowych myśliwcach de Havilland Mosquito Mk II. Latał w nim do 1 października 1942, lecz nie odnosząc tym razem sukcesów w braku spotkań z wrogiem. Następnie, będąc największym czeskim asem, Kuttelwascher został odsunięty od latania bojowego i skierowany do pracy sztabowej w Inspektoracie Czechosłowackiego Lotnictwa w Londynie. W czerwcu 1943 Kuttelwascher wysłany został w półroczną misję do USA w celu rekrutacji ochotników do czeskiego lotnictwa. Po powrocie został przydzielony do 32. Maintenance Unit, zajmującego się m.in.