Historia Swoje powstanie parafia św. Franciszka z Asyżu w Łodzi, wiąże z postacią ks. Edwarda Marksa. Za przynależność do Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów został przeniesiony na wikariat do Góry św. Małgorzaty i tam zasuspendowany. Pierwszą mszę mariawicką w Łodzi odprawiono 5 maja 1906 w kaplicy przy ul. Widzewskiej 7 (obecnie Jana Kilińskiego). Na terenie Łodzi mariawityzm zyskał duże uznanie, życie liturgiczne przeniosło się do wynajętego pofabrycznego budynku przy ul. Stefana Żeromskiego 74, a w czerwcu 1906 zakupiono od małżeństwa Halladinów posesję przy ul. Franciszkańskiej 27 za kwotę 22 tys. rubli. 7 września 1906 rozpoczęto budowę kościoła, a już 1 listopada dokonano poświęcenia wzniesionej świątyni pw. św. Franciszka z Asyżu.
W Łodzi znajdowała się jeszcze parafia pw. Matki Boskiej Nieustającej Pomocy przy ul. Nawrot 104 oraz pw. Przenajświętszego Sakramentu przy ul. Podleśnej 22 (obecnie ul. Marii Skłodowskiej-Curie). Obie te placówki zostały utracone z powodu odejścia od Kościoła Mariawitów w 1913 kapł. E. Marksa. 3 stycznia 1907 został wydany w tutejszej drukarni pierwszy numer „Mariawity”. W latach 1908–1910 parafia w Łodzi wybudowała dom szkolny oraz pięciopiętrowy przy ul. Franciszkańskiej 29.