Fabuła kończy się podczas walki w Departamencie Tajemnic w Ministerstwie Magii.
Po sekwencji filmików rozpoczyna się grę. Poza postacią Harry’ego w grze, w niektórych epizodach, można grać takimi postaciami, jak profesor Albus Dumbledore, Fred Weasley, George Weasley czy Syriusz Black.
O grze Do Hogwartu zostało dodanych 85 lokacji, między innymi Little Whinging, Grimmauld Place 12, Ministerstwo Magii, Departament Tajemnic. Hogwart jest pełen tajemnic, pokoje mają więcej sekretów i są bardziej szczegółowo dopracowane niż w poprzednich częściach gry. Tak jak w głównych misjach i dodatkowych zadaniach gracze mogą odkrywać Hogwart, używając zaklęć, by zdobywać Punkty Odkrycia. Zdobywanie ich poprawia siłę zaklęć, także odblokowuje filmy bonusowe przedstawiające tworzenie gry i trofea, które można potem oglądać w Pokoju Nagród. Przedmioty w pokoju takie jak trofea można także odblokować, wygrywając w różnych minigrach, jak np. Eksplodujący Dureń, Szachy Czarodziejów i Gargulki. Dwadzieścia dwie postaci mają głosy aktorów grających te osoby w filmie. Jest wiele misji do zaliczenia zgodnych z fabułą filmu, np. rekrutacja członków Gwardii Dumbledore’a.