Karę odbywał początkowo w więzieniu na Mokotowie w Warszawie, a od 25 lutego 1954 – w Zakładzie Karnym we Wronkach. Był już wtedy nieuleczalnie chory. W maju 1954 umieszczono go w szpitalu więziennym po nawrocie choroby nowotworowej przewodu pokarmowego. Więzienna komisja wnioskowała 7 sierpnia 1954 o roczną przerwę w odbywaniu kary ze względu na konieczność leczenia, ale w Departamencie Więziennictwa MBP zbyt długo wniosek rozpatrywano.
Zmarł 28 października 1954 we Wronkach w szpitalu więziennym i tam został pochowany na cmentarzu parafialnym pw. św. Katarzyny (sektor 0-I-9)Grób Eugeniusza Luśniaka ofiary terroru stalinowskiego [dostęp 2022-10-20].. Przyczyną śmierci była niedokrwistość, choroba nowotworowa wątroby i jelita grubego. Rodzinie odmówiono wydania zwłok.
Postanowieniem Najwyższego Sądu Wojskowego w Warszawie z 7 maja 1956 wyrok uchylono, a Naczelna Prokuratura Wojskowa 11 maja tegoż roku umorzyła śledztwo przeciwko niemu z braku dowodów winy. W związku z uchyleniem wyroku skazującego rozkazem personalnym MON nr 02882 z 23 października 1957 roku przywrócono mu stopień generała brygady.
Był dwukrotnie żonaty. Drugą żoną była Blanca-Andrea Le Blanc. Miał córkę Renatę-Blancę (ur. 1929) i syna Oskara Eugeniusza (ur.