Rozbudowa i modernizacja W 2004 kartoteka szpitalna została skomputeryzowana. W marcu 2009 władze szpitala zaproponowały radnym Warszawy przekształcenie go w spółkę prawa handlowego, w której 100 procent udziałów należy do miasta stołecznego. Inaczej niż wiele innych szpitali warszawskich, przekształcenie modelu funkcjonowania św. Zofii nie było podyktowane złą sytuacją finansową szpitala.
24 czerwca 2010 na terenie szpitala odbyło się spotkanie podczas którego kierownictwo placówki i organizacje pozarządowe przedstawiły swoje postulaty dotyczące planowanej przez polskich parlamentarzystów ustawy bioetycznej, kwestii refundacji zapłodnienia pozaustrojowego metodą in vitro i upolitycznienia kwestii leczenia niepłodności. W spotkaniu wziął udział m.in. kandydujący w wyborach prezydenckich ówczesny marszałek Sejmu Bronisław Komorowski, autorka projektu ustawy bioetycznej posłanka Małgorzata Kidawa-Błońska oraz Karolina Wolf, jedna z najstarszych Polek urodzonych dzięki metodzie in vitro.