W lipcu i sierpniu 1920 dowodził VIII Brygady Jazdy i Grupą Jazdy przy 5 Armii. Odznaczył się w bojach z 1 Armią Konną Budionnego. Na skutek intryg gen. Eugeniusza de Henning-Michaelisa, od kwietnia 1921 w stanie spoczynku. 26 października 1923 Prezydent RP Stanisław Wojciechowski zatwierdził go w stopniu rzeczywistego generała dywizji. Na emeryturze osiadł w Bydgoszczy przy ulicy Cieszkowskiego 11 (od czerwca 1921).
Po kampanii wrześniowej i rozpoczęciu okupacji niemieckiej jesienią 1939 został wysiedlony przez Niemców do Kutna. Zmarł tam po ciężkiej chorobie. W 1964 prochy przewieziono do Bydgoszczy, gdzie spoczęły na cmentarzu przy ul. Kcyńskiej.
Starszy syn generała – podporucznik pilot-obserwator Jerzy Karnicki z 1 Pułku Lotniczego zginął 23 października 1930 w katastrofie lotniczej na warszawskiej Woli, kiedy to pilotowany przez niego samolot Breguet XIX spadł na halę fabryki „Parowóz”. Drugi syn – komandor porucznik Borys Karnicki w czasie II wojny światowej był między innymi dowódcą okrętu podwodnego ORP „Sokół”.