Po przyjęciu uchwały Wojewoda Małopolski zakwestionował jej legalność. W toku kontroli nadzorczej wskazywał na konieczność przeprowadzenia konsultacji społecznych przy zmianie uchwały dotyczącej parku kulturowego. W grudniu 2023 roku wojewoda zaskarżył uchwałę do sądu administracyjnego.
Uchwała antyhałasowa
W latach 2024–2025 organizacja była jedną ze stron sporu wokół tzw. uchwały antyhałasowej w Krakowie. Projekt uchwały dotyczył ograniczenia używania urządzeń nagłaśniających emitujących muzykę poza lokalami po godzinie 22.00. Według RMF FM Krakowska Kongregacja Kupiecka sprzeciwiała się pierwotnej wersji projektu, obawiając się jego skutków dla przedsiębiorców i wskazując na nieprecyzyjność proponowanych przepisów.
Spór był przedstawiany w mediach jako konflikt między mieszkańcami centrum skarżącymi się na nocny hałas a przedsiębiorcami obawiającymi się ograniczeń działalności lokali gastronomicznych i rozrywkowych. W maju 2025 roku w siedzibie Krakowskiej Kongregacji Kupieckiej odbyła się debata poświęcona uchwale antyhałasowej, w której uczestniczyli przedstawiciele lokalnego biznesu, samorządu i organizacji społecznych.