Pod wpływem swoich doradców car zdecydował się wysłać ekspedycję karną przeciw miastu, co skończyło się tzw. masakrą nowogrodzką (1570)Michaił Heller, Historia Imperium Rosyjskiego Wyd. III Warszawa 2002 , s. 168, 169.. W ciągu sześciu tygodni zginęło, według różnych źródeł, od 25 tys. do 700 tys. mieszkańców Nowogrodu i innych miast Rosji, przy czym całkowita liczba ludności samego Nowogrodu w 1545 wynosiła 35 tys. osóbПослание Иоганна Таубе и Элерта Крузе: Пер. М. Г. Рогинского // Русский исторический журнал. Кн. 8. Пг., 1922. s. 8–59.. Majątki cerkiewne, kupieckie i bojarskie w Nowogrodzie uległy konfiskacieГенрих Штаден. О Москве Ивана Грозного, 1925, s. 90–91. 15.Российская академия наук. Институт русской литературы (Пушкинский Дом). Повесть о разгроме Новгорода Иваном Грозным..
W czasie wojen inflanckich i okresie wielkiej smuty miasto było centrum oporu przeciw wojskom polsko-litewskim na północnym zachodzie Carstwa Rosyjskiego. W mieście stacjonował garnizon wojsk kniazia Michaiła Skopin-Szujskiego i sojuszniczych wojsk szwedzkich. Miasto straciło nieco na znaczeniu po założeniu Petersburga w 1703. W okresie radzieckim nastąpił gwałtowny wzrost liczby ludności z ok. 54 tys. w 1945 do ok. 235 tys. w 1991, doszło do rozwoju miasta i przemysłu.