Po tym wydarzeniu Herkules przeniósł się do Treviso, gdzie zmarł w 1803 roku.
W zawartym między cesarzem Franciszkiem II Habsburgiem a zwycięskim Napoleonem pokój w Campo Formio (17 października 1797) znajdowała się klauzula o przekazaniu Herkulesowi d’Este tytułem odszkodowania za utracone ziemie i dochody Bryzgowii wraz z Fryburgiem. Mimo że potwierdzał ją też układ pokojowy w Lunéville (9 lutego 1801), książę ociągał się z formalnym objęciem tych ziem w posiadanie. Dopiero po przyznaniu mu dodatkowo dalszych terenów w Badenii – sąsiadującej na północy z Bryzgowią Ortenau – przystał na ten układ, co potwierdziła uzupełniająca umowa podpisana 26 grudnia 1802. Ponieważ nie zamierzał sprawować osoboście rządów w Bryzgowii, mianował jeszcze 1 listopada 1802 swego zięcia arcyksięcia Ferdynanda swoim spadkobiercą i władcą tak powstałego księstwa Modeny i Bryzgowii. Formalne przekazanie Bryzgowii przez dotychczas panującą w tym rejonie habsburską Austrię Przednią (Vorderösterreich) księstwu Modeny miało miejsce podczas stosowne uroczystości we Fryburgu 2 marca 1803. Sam książę d’Este nigdy swego księstwa nie odwiedził.