W 1944 miał zawrzeć porozumienie z dowódcą wojsk niemieckich w Tiranie, Josefem Fitzthumem, dzięki czemu jednostki niemieckie mogły 16 listopada 1944 opuścić Tiranę i nie były atakowane przez partyzantów.
Od 1947 był deputowanym Zgromadzenia Ludowego.
W roku 1948 Shehu uczestniczył w czystkach mających na celu usunięcie z partii elementów „chcących odseparować Albanię od Związku Radzieckiego”. Uczyniło go to najbliższym współpracownikiem Envera Hoxhy, pozostawał jednak w jego cieniu. Po usunięciu Koçi Xoxe został ministrem spraw wewnętrznych.
Od 1948 członek Komitetu Centralnego i Biura Politycznego Albańskiej Partii Pracy, w 1948 minister transportu, w latach 1948–1953 sekretarz Komitetu Centralnego. Opuścił to stanowisko 24 czerwca 1953, kiedy został wicepremierem oraz ministrem spraw zagranicznych (a także szefem tajnej policji Sigurimi). W roku 1954 zastąpił Envera Hoxhę na stanowisku premiera. Od 1974 pełnił także funkcję ministra obrony. Shehu był uważany za prawą rękę Hodży i drugą co do ważności osobę w państwie.
Przygotował sojusz chińsko-albański, w wyniku którego nastąpiło zerwanie stosunków ze Związkiem Radzieckim (grudzień 1961).