Po rezygnacji Miyuna w 1633 r. z funkcji opata klasztoru, Yinyuan został głównym uczniem Feiyina. Gdy Feiyin ustąpił ze stanowiska, opatem w 1637 r. został Yinyuan. Piastował urząd do 1642 r., czyli roku śmierci jego pierwszego nauczyciela Miyuna i odszedł, gdyż chciał uczcić nauczyciela długim okresem żałoby. Po czterech latach, w 1646 r. ponownie objął funkcję opata klasztoru. Pod jego kierunkiem zakończono odbudowę klasztoru – wzniesiono około 30 nowych budynków klasztornych. Jego nauki przyciągnęły do klasztoru kilkuset mnichów. W nauczaniu stosował wszystkie typowe techniki szkoły linji: okrzyki, uderzenia, gong’any itd.
W tym czasie w Nagasaki, jedynym otwartym na zewnętrzny świat, porcie Japonii, istniała liczna kolonia chińska, która wybudowała dla swoich potrzeb trzy duże świątynie buddyjskie, uważane za chanistyczne i całkowicie niezależne od klasztorów japońskich. Opatami byli chińscy mnisi. Gdy w 1651 r. jedna z tych świątyń (Sōfuku) potrzebowała opata, został tam posłany jeden z głównych uczniów Yinyuana – Yelan Xinggue (1613–1651), który zginął w czasie rozbicia się statku.