Zmarł nagle w Wiedniu, w 1915, po powikłaniach związanych z rakiem odźwiernika. Pogrzeb odbył się w Krakowie w dniu 13 grudnia 1915 roku. W uroczystości, która rozpoczęła się w kościele oo. Kapucynów udział wzięli: biskup Sapieha, biskup Nowak, prezydent Leo, wiceprezydent Bandrowski, senat akademicki z rektorem Kostaneckim na czele, Wydział Lekarski z dziekanem Piltzem, komendant policji Józef Broszkiewicz, delegaci NKN, Samarytanina Polskiego, Towarzystwa Ratunkowego i oddział legionistów przebywający w tym czasie w Krakowie. Pochowany na cmentarzu Rakowickim. W testamencie zapisał parcelę i 20 000 marek Towarzystwu Przyjaciół Nauk w Poznaniu, 5 000 koron na zakład p. Żurawskiej, 5 000 koron Naczelnemu Komitetowi Opieki nad superarbitrowanymi legionistami.
Następcą Bolesława Wicherkiewicza na stanowiskach kierownika Katedry Okulistyki oraz dyrektora Kliniki Okulistycznej został prof. Kazimierz Majewski.