6 września 1939 r. do miasta wkroczyły wojska niemieckie, a tym samym rozpoczął się okres okupacji niemieckiej, od początku naznaczonej licznymi egzekucjami cywilów. W wyniku reformy administracyjnej, związanej z utworzeniem GG, Limanowa utraciła status miasta powiatowego. Ukształtowanie terenu w okolicach Limanowej sprzyjało działalności partyzanckiej, która też intensywnie się tam rozwinęła i obejmowała oddziały AK (duże zgrupowanie w rejonie masywu Mogielicy) i BCh, zaś w 1944 r. pojawiły się także dywersyjne oddziały sowieckie.

W ramach przyjętej przez III Rzeszę polityki wykorzystania obszaru GG na potrzeby wojenne i w oparciu o urządzenia zamkniętej rafinerii, zorganizowano w Limanowej dużą bazę przeładunkową paliw płynnych dla frontu wschodniego. Miasto, tak jak cały teren zlikwidowanego powiatu limanowskiego, objęte też było akcją tzw. Goralenvolku, która – inaczej niż na terenie Podhala – nie przyniosła żadnych rezultatów. Limanowa została zdobyta 19 stycznia 1945 r. przez jednostki 38 Armii 4 Frontu Ukraińskiego. Ku czci tych jednostek w 1957 roku został odsłonięty w Parku Miejskim Pomnik Wdzięczności Armii CzerwonejRada Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa „Przewodnik po upamiętnionych miejscach walk i męczeństwa lata wojny 1939–1945”, Sport i Turystyka 1988, , s.