Transformacja ustrojowa w 1989 r. pociągnęła za sobą upadłość, względnie przekształcenia własnościowe i ograniczenie działalności kilku największych zakładów pracy (m.in. zakłady przemysłu drzewnego w Łososinie Górnej), które niejednokrotnie odbyły się w nie do końca jasnych okolicznościach. Niemniej, ponieważ Limanowa – w przeciwieństwie do wielu miast podobnej wielkości – nie była uzależniona od jednego dużego zakładu przemysłowego, transformacja przebiegła stosunkowo łagodnie.
1 stycznia 1999 r. miasto na powrót stało się siedzibą powiatu, a w 2004 r. otrzymało nagrodę za najlepsze w Polsce wykorzystanie funduszy unijnych w kategorii miast do 40 000 mieszkańców. Do chwili obecnej nie udało się jednak rozwiązać kluczowego dla dalszego rozwoju Limanowej problemu, jakim jest niedostatek dogodnych połączeń drogowych z resztą kraju, przy praktycznym braku kolejowych. Bezpośrednia linia kolejowa do Krakowa jest w budowie, a obwodnica miasta od ponad 30 lat pozostają w sferze projektów.
Demografia Według danych z dnia 31 grudnia 2024 r. miasto liczyło 14 298 mieszkańców, w tym 6981 mężczyzn i 7317 kobiet.