Wiosną 2007 rozpatrywano jego kandydaturę jako przedstawiciela zgromadzenia ustawodawczego obwodu omskiego w Radzie Federacji. Za jego wyborem opowiedziało się kierownictwo partii Zjednoczona Rosja, jednak ostatecznie jego kandydatura nie została przedstawiona na forum omskiego zgromadzenia ustawodawczego. Miejsce w Radzie Federacji z ramienia obwodu omskiego zajął były piłkarz Dmitrij Alejniczew.
Premier 12 września 2007 prezydent Rosji Władimir Putin desygnował Zubkowa na premiera po dymisji Michaiła Fradkowa. 14 września Duma Państwowa zatwierdziła jego kandydaturę. Zubkow nie wykluczał startu w zaplanowanych na marzec 2008 wyborach prezydenckich, jednak ostatecznie nie zdecydował się na kandydowanie.
7 maja 2008 złożył dymisję na ręce nowo zaprzysiężonego prezydenta Rosji Dmitrija Miedwiediewa. Następnego dnia obowiązki szefa rządu przejął Władimir Putin. Zubkow znalazł się w nowo utworzonym rządzie Putina obejmując stanowisko pierwszego wicepremiera.
Zubkow jest politykiem bezpartyjnym. W 1995 r.