Zimą 2003 roku Heikkinen wyjechał do Anglii, do Portsmouth F.C. Na boiskach Premiership wystąpił zaledwie we dwóch spotkaniach i nie mając miejsca w składzie po sezonie odszedł do szkockiego Aberdeen FC. Tam zaczął występować w wyjściowej jedenastce drużyny i przez dwa sezony rozegrał blisko 70 meczów ligowych. W 2005 roku zajął z Aberdeen 4. miejsce w Scottish Premier League. Latem 2005 Heikkinen przeszedł do Luton Town, grającego w angielskiej Football League Championship. W sezonie 2005/2006 został wybrany piłkarzem sezonu w Luton, z którym zajął 10. miejsce w lidze. Natomiast w 2007 roku spadł do Football League One. Latem 2007 podpisał kontrakt z Rapidem Wiedeń, z którym na koniec sezonu został mistrzem Austrii.
W 2013 roku Heikkinen przeszedł do IK Start. W latach 2014–2015 grał w HJK Helsinki, a w 2016 przeszedł do AC Oulu.