Na Greifswalder Oie został zakwaterowany garnizon Wehrmachtu, a ostatni dzierżawca, po zmianie statusu wyspy na teren wojskowy w 1938 roku, wysiedlony.
W latach 1937–1945 na terenie wyspy dokonywano prób z bronią rakietową. W grudniu 1937 r. próbowano wystrzelić rakiety A3, jednakże próby zakończyły się fiaskiem. W latach 1938–1942 dokonano prób z rakietami A5. W czasie II wojny światowej z Greifswalder Oie wystrzelono co najmniej 28 rakiet V2. Ruiny bunkra, z którego przeprowadzano obserwacje trajektorii lotu rakiet, istnieją do dziś. W czasach NRD na wyspie stacjonował garnizon armii tego kraju, NVA. W 1990 r. teren wyspy został zdemilitaryzowany, wkrótce potem zabudowania wojskowe padły ofiarą „dzikiej turystyki”.
Obecnie kąpiel na wyspie jest zakazana, a infrastruktura gastronomiczna nie istnieje. Na obszarze rezerwatu znajduje się ścieżka dydaktyczna, prowadząca od przystani do latarni morskiej.