W 2006 roku Zaza opuścił duńską ligę co oznaczało, że Ankergren ma już pewne miejsce w podstawowym składzie Brøndby IF. Duńczyk podpisał ze swoim klubem nowy trzyletni kontrakt.
W styczniu 2007 roku, kiedy Brøndby zatrudniło bramkarza Stephana Andersena, Ankergren zdecydował się opuścić drużynę. Został wypożyczony do broniącego się przed spadkiem do League One Leeds United, a umowa zawierała opcję definitywnego transferu za darmo. Ekipie „The Whites” nie udało się jednak utrzymać w Championship, jednak mimo wszystko działacze Leeds zdecydowali się na kupno Ankergrena. W barwach angielskiego zespołu Duńczyk spisywał się bardzo dobrze, stał się jednym z najlepszych zawodników tego klubu oraz jednym z ulubieńców kibiców z Elland Road. W sezonie 2007/2008 Ankergren wystąpił we wszystkich 46 meczach ligowych.
Po wywalczeniu przez Leeds w sezonie 2009/2010 awansu do Championship, kontrakt z Ankergrenem nie został przedłużony i Duńczyk stał się wolnym zawodnikiem. Następnie podpisał umowę z Brighton & Hove Albion, grającym w League One. W sezonie 2010/2011 awansował z nim do Championship, a w sezonie 2016/2017 do Premier League. Po tym awansie Ankergren zakończył karierę.