Obiekt ten został spalony w 1192 roku przez wojska Kazimierza Sprawiedliwego, podczas jego odwetowej wyprawy na Gniezno. Na ich miejscu wzniesiono nową siedzibę z małym kościołem św. Jerzego, pełniącym funkcję kościoła grodowego. Od XIII w. jest kościołem kolegiackim. W połowie XVI wieku został przejęty przez kapitułę metropolitalną, która w 1607 roku przeprowadziła remont świątyni. Po pożarze w 1613 roku, został odbudowany w latach 1615-1632. W 1760 roku spłonął prawie całkowicie. Arcybiskup Antoni Ostrowski, nie mając środków na odbudowę świątyni, kazał kościół rozebrać. Gruntownie odrestaurowany i zbarokizowany w 1782 roku, dzięki staraniom kanonika Baltazara Pstrokońskiego wg projektu architekta Bernarda Landwerbera z Poznania. Z tego okresu pochodzi zasadnicza bryła kościoła. Został gruntownie odnowiony w 1936 roku.
25 kwietnia 1937 roku na Wzgórzu Lecha odbyły się obchody 25-lecia Chorągwi Wielkopolskiej Harcerzy. Obchody rozpoczęły się uroczystą mszą świętą w kościele św. Jerzego, podczas której poświęcono marmurową tablicę upamiętniającą 25-lecie harcerstwa wielkopolskiego. Została ona wmurowana w prezbiterium kościoła, w którym odbyło się nabożeństwo.