W 1997 roku został mianowany wiceprzewodniczącym Partii Liberalno-Demokratycznej, natomiast w październiku 2000 został szefem sekretariatu gabinetu premiera i rzecznikiem prasowym rządu premiera Yoshirō Mori.
Ze stanowiska zrezygnował 7 maja 2004 za kadencji następnego szefa rządu (Jun’ichirō Koizumi) z powodu wielkiego skandalu politycznego, związanego z japońskim systemem emerytalnym, jednak wciąż pozostawał członkiem niższej izby parlamentu.
16 czerwca 2006 Fukuda był uważany za jednego z głównych pretendentów do stanowiska przewodniczącego Partii Liberalno-Demokratycznej„Japan lawmakers seek to replace war shrine”, Shanghai Daily, 16 czerwca 2006., lecz zrezygnował z udziału w wyborach na przewodniczącego partii, które odbyło się 21 lipca. Nowym liderem PLD został wówczas wybrany Shinzō Abe, który również zastąpił Koizumiego na stanowisku premiera.