Wysoko położone lotniska, gorący klimat i duże zapylenie powodowały różne problemy eksploatacyjne. Rozbieg i dobieg samolotu był półtorakrotnie dłuższy niż normalnie, lądowania często kończyły się przebiciem opon, lub zapłonem hamulców. Częste były awarie awioniki. Silnik natomiast okazał się odporny zarówno na pył zasysany z powietrzem, jak i na zanieczyszczone pyłem paliwo. W 1985 roku poziom gotowości bojowej floty Su-17 przewyższał poziom gotowości bojowej Su-25 i helikopterówMarkovskiy, Viktor. „Жаркое Небо Афганистана” (Rosyjski). Техника – Молодежи, 2000.. Samolot okazał się słabo przystosowany do realiów wojny w Afganistanie, ze względu na wysokie prędkości podczas ataku, niską zwrotność i konieczność operowania poza zasięgiem artylerii przeciwlotniczej.
Pojawienie się w rękach Mudżahedinów przenośnych przeciwlotniczych zestawów rakietowych zmusiło Su-17 do operowania na jeszcze większych wysokościach. W toku działań Su-17 zostały wyposażone w automatyczne wyrzutnie pułapek termicznych.