Wielu historyków nauki uważa, że odrzucenie teorii flogistonu było początkiem współczesnej chemii. Flogiston należy odróżnić od innego fluidu osiemnastowiecznej nauki – fluidu ciepła (w polskiej terminologii autorstwa Jędrzeja Śniadeckiego zwanego „cieplikiem”)(...) koniec flogistonu to jednocześnie początek największej sławy fluidu ciepła. Lavoisier wypędził z chemii flogiston, ale niemal jednocześnie nobilitował fluid ciepła – cieplik – na czołowym miejscu wśród pierwiastków chemicznych w tabeli z 1789. (Andrzej Kajetan Wróblewski „Prawda i mity w fizyce” Warszawa 1987 str. 19, w tej wersji str. 12). Jak pisał John Desmond Bernal Jesteśmy skłonni, spoglądając z punktu widzenia bezpośrednio następnej teorii – teorii spalania jako utleniania – uważać teorię flogistonu za absurd; w rzeczywistości była to bardzo wartościowa teoria, skoordynowała ona dużo różnych zagadnień w chemii (...) Tak jak to widzieli jej przeciwnicy, deflogistykacja nie polegała na usunięciu metafizycznej substancji flogistonu, było to dodanie materialnej substancji tlenu – utlenianie, podczas gdy flogistykacja była jego usunięciem, czyli redukcją (...) w dzisiejszym języku mówilibyśmy o elektronach.