Jednocześnie od maja 1939 był delegatem ministra spraw wojskowych, generała dywizji Tadeusza Kasprzyckiego przy ministrze wyznań religijnych i oświecenia publicznego. 2 września 1939 zdemobilizował Legię Akademicką. 3 września został wezwany do generała brygady Kazimierza Sawickiego, dyrektora Państwowego Urzędu Wychowania Fizycznego i Przysposobienia Wojskowego i dowódcy Jednostek Obrony Narodowej, który polecił mu udać się na Pomorze i zorganizować ewakuację 150 tysięcy rezerwistów. Odmówił wykonania tego polecenia, uznając je za niewykonalne, a następnie udał się do gen. Kasprzyckiego. W gabinecie ministra zamiast spodziewanego raportu karnego został mianowany szefem sztabu gen. Czumy, któremu powierzono zadanie obrony Warszawy. Na tym stanowisku pozostawał do dnia 29 września. Był najbliższym współpracownikiem gen. Czumy. Za swoją działalność odznaczony przez gen. dyw. Juliusza Rómmla Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari.