Pozostali byli ponownie wpisani na listę uczniów, jeśli władze szkolne uznały, że sprawowali się dobrze i zdali wyznaczony egzamin. 8 stycznia 1862 – wznowienie zajęć szkolnych. 1 października 1862 – utworzenie siedmioklasowego Gimnazjum Filologicznego.
Czasy rusyfikacji styczeń 1863 – uczniowie złapani na próbie dotarcia do powstańczych oddziałów, po odsiedzeniu 3 dni w gimnazjalnym karcerze, otrzymali karę chłosty w szkolnej auli w obecności innych uczniów. Przy wejściu na salę, koledzy niedoszłych powstańców demonstracyjnie, po wojskowemu salutowali ukaranym. W następstwie tych wydarzeń szkoła zostaje zamknięta do stycznia 1864 1866 – powstanie siedmioklasowego (od 1874 ośmioklasowego) Męskiego Gimnazjum Klasycznego. 1867 – według przeprowadzonego spisu majątek szkoły wynosił 12140 rubli, bo taka była wartość wyposażenia gabinetu fizycznego, mebli szkolnych i kancelaryjnych, biblioteki liczącej 3332 książek, 39 atlasów, map, wzorów do rysowania oraz czasopism. 1874 – utworzenie w szkole internatu z sypialniami na parterze i I piętrze. 1879 – początek tradycji zjazdów wychowanków szkoły – w Warszawie spotkało się 123 absolwentów Szkoły Wyższej Realnej i Gimnazjum Filologicznego, by uczcić 65 rocznicę urodzin i 43 rocznicę rozpoczęcia pracy nauczycielskiej Jana Kluczewicza, byłego inspektora (dyrektora) szkoły. 1888