Śledztwo dopingowe 18 stycznia 2007, francuska gazeta Le Monde podała do wiadomości, że również Pereiro był pod wpływem dopingu na Tour de France 2006. Rzekomo, po 14. etapie znaleziono salbutamol w dwóch próbkach moczu (na tym etapie, z Montélimar do Gap Pereiro uplasował się na 26. miejscu). Tak samo w próbkach pobranych po etapie 16. (Le Bourg-d’Oisans – La Toussuire), gdzie Hiszpan był trzeci. Po tym etapie Pereiro odebrał Landisowi koszulkę lidera.

Salbutamol jest powszechnie stosowany przy astmie i może być używany podczas wyścigu, jeśli tylko zawodnik dostarczy zaświadczenie lekarskie o konieczności przyjmowania tego leku. Domniemywa się, że UCI pozwoliła Hiszpanowi na stosowanie tego leku ze względów medycznych, już po pozytywnym wyniku testu. Francuska agencja antydopingowa kwestionuje jednak prawdziwość tych medycznych przesłanek. Zażądała też, aby Pereiro wytłumaczył się ze stosowania salbutamolu w ciągu tygodnia.

25 stycznia 2007, agencja ta wstrzymała śledztwo twierdząc, że Pereiro przedstawił wystarczające dowody na to, że faktycznie choruje na astmę.